La notevole estensione territoriale e la bassa densità di popolazione hanno costituito le naturali premesse per poter sviluppare nel Conense una solida economia agricola i cui prodotti più significativi sono pere, noci, angurie, radicchio rosso di Chioggia e zuccamarina di Chioggia. Non a caso, nel corso dell'Ottocento, i grandi proprietari terrieri si impegnarono nella bonifica di questo territorio paludoso. Tale iniziativa si concretizzava grazie anche all'ausilio di tecnici, fra cui spiccava anche l'ingegnere idraulico Cesare De Lotto, nato nel 1810 a Venezia e morto nel 1864 a Cona, ove trovò sepoltura.
A questo ingegnere, che venne anche definito "il papà delle bonifiche venete e ferraresi", si deve il progetto di dividere in sezioni il suolo paludoso e utilizzare il canale dei Cuori come bacino. Il piano ebbe successo soprattutto con l'abbandono della forza animale a favore di quella a vapore per alimentare le macchine idrovore. Pertanto il paesaggio agrario del conense, così come lo possiamo osservare oggi, è il risultato delle azioni di bonifica intrapresa nel secolo scorso e che ha permesso non solo lo sfruttamento agricolo di tanti terreni paludosi, ma anche di debellare la malaria, tipica malattia delle valli. Con la bonifica vennero meno definitivamente il diritto di vagantivo, detto pure diritto del povero, il quale era già stato vietato nel 1792 dalle autorità veneziane, come indicato nella lapide collocata presso la corte Civrana di Cona. Con tale antica pratica si consentiva a poveri e diseredati di recarsi nelle valli a cacciare, pescare e raccogliere frutti selvaggi, dando loro una possibilità di sopravvivenza. Le nuove esigenze produttive indussero i proprietari delle terre bonificate a impedire con maggior decisione l'esercizio del vagantivo e si avvalsero delle sentenze del tribunale di Venezia, che nel 1857 dichiarava "il vagare continuo" dannoso per i beni dell'agricoltura.

Tra la fine dell'Ottocento e l'inizio del Novecento, molti residenti a Cona scelsero la via dell'emigrazione, destino condiviso d'altronde da altri veneti, dopo l'aver verificato, da una parte, l'impossibilità del ricorrere al vagantivo per la sussistenza e, dall'altra, l'incapacità dell'economia rurale di quel periodo, segnata tra l'altro da una modernizzazione finalizzata a contenere il costo della forza lavoro, di dare piena e stabile occupazione a tutta la popolazione in età di lavoro. La vocazione agricola di questo territorio non poteva che favorire nel secondo dopoguerra lo sviluppo di alcune importanti e significative attività industriali di trasformazione dei prodotti della terra (uva, latte, mais e granturco).

Il trattamento dell'uva in appositi impianti, utilizzati contemporaneamente da più produttori, si effettua dal 1960, dopo che nel 1957 veniva costituita con fini mutualistici la "Cantina Sociale di Cona e Cavarzere", con sede a Pegolotte di Cona; essa era all'inizio giuridicamente una Società a Responsabilità Limitata (s.r.l.), mentre ora è una Società per Azioni (S.p.A.). Attualmente, dati aggiornati al giugno 2003, la società conta circa 600 soci e le uve conferite (100.000 q.li circa annui) provengono da ben 22 comuni appartenenti alle province di Padova, Rovigo e Venezia. I soci di tale società provengono anche da molti comuni delle vicine province di Padova e Rovigo. La produzione di vini, prevalentemente rossi (cabernet, merlot, raboso), è di alta e ricercata qualità, tutti ad indicazione geografica tipica (I.G.T.). La commercializzazione del vino avviene sia all'ingrosso che al dettaglio. È possibile acquistarlo sia sfuso che imbottigliato nella sede centrale della Cantina Sociale, come anche nei punti vendita di Caselle di Selvazzano Dentro (PD) e Adria (RO). Un'altra attività, legata al trattamento del mais e dei cereali, viene gestita da un "Consorzio Maiscoltori Cerealicoltori di Cavarzere, Cona e Chioggia", il quale alle origini, nel 1966, era giuridicamente una Società a Responsabilità Limitata, divenendo poi nel 1995 una S.p.A. Tale consorzio può contare su 1384 soci iscritti, che a loro volta rappresentano un patrimonio fondiario agricolo di circa 20.000 ettari, distribuito fra le province di Rovigo, Padova e Venezia. Gli imprenditori agricoli, piccoli, medi e grandi, trovano in questa struttura la possibilità di commercializzare al meglio un prodotto adeguatamente trattato e conservato. L'impianto di grandi dimensioni, realizzato nel 1968, si trova nella zona industriale-artigianale di Pegolotte e riesce attualmente a trattare 1.067.000 q.li di prodotto contro i 180.000 q.li del 1968.

Infine, sul finire degli anni Sessanta a Pegolotte di Cona si insediava un'attività di trasformazione dei latticini, un caseificio, che produce caciotta misto pecora e ricotta, segnalati come tipicità agroalimentari dall'Assessorato alle attività produttive, agricole e alimentari della provincia di Venezia. Il paesaggio agrario di Cona, caratterizzato da vaste estensioni disabitate, offre l'opportunità di essere apprezzato da un punto di vista naturalistico e culturale. Questo valore paesaggistico ha indotto alcuni imprenditori agricoli ad intraprendere un'attività agrituristica, ove è possibile acquistare direttamente prodotti biologici o degustare piatti tipici locali. Da un po' di tempo, però, a Cona ci si confronta con realtà produttive diverse. Al di là delle piccole imprese artigiane, da sempre insediate nel territorio, in modo sparso ed episodico, già alcuni anni orsono, veniva ubicata nei pressi del Consorzio Maiscoltori una piccola zona industriale-artigianale. Qui trovano sede industrie attive nei settori della produzione dolciaria, meccanica di precisione e dei trasporti. Al fine di dare seguito e maggior consistenza alle attività industriali nell'ambito comunale, senza comunque rinnegare il carattere prevalentemente agricolo, l'Amministrazione Comunale di Cona, supportata dall'assistenza tecnica della CO.SE.CON. S.p.A. di Conselve si è fatta promotrice della realizzazione di una nuova zona artigianale-industriale in un'area adiacente al centro abitato di Cantarana. Nei lotti del P.I.P. (Piano di Insediamento Produttivo) molte aziende, provenienti soprattutto da comuni della provincia di Padova, stanno installando i loro impianti e stabilimenti. La componente industriale dell'economia locale che si sta sviluppando non potrà che avere una ricaduta positiva per l'occupazione e di conseguenza rende possibile l'incremento demografico dei centri abitati sparsi sul territorio comunale di Cona.